Zprovoznění výukového softwaru NEST

na fakultním HPC clusteru

Pro Karolínu Korvasovou a výuku předmětu Úvod do výpočetní neurovědy na MFF UK jsme realizovali nasazení a integraci simulačního softwaru NEST Desktop a NEST Simulator do fakultní výpočetní infrastruktury. Řešení umožňuje studentům pracovat s grafickým rozhraním i Jupyter notebooky přímo na univerzitním HPC clusteru, bez závislosti na externích evropských infrastrukturách.

Součástí práce byla integrace do JupyterHubu, provoz přes SLURM, kontejnerizace pomocí Apptaineru, úpravy proxy vrstvy a řešení bezpečnostních a XSRF problémů při komunikaci mezi NEST Desktopem, NEST Serverem a JupyterHubem.

Zadavatel: Karolína Korvasová, M.Sc., Dr. rer. nat., Skupina výpočetních neurověd MFF UK

Provoz softwaru Origin na Linuxu

pro vědecké zpracování dat

Pro Katedru fyziky kondenzovaných látek jsme řešili problém používání analytického softwaru

Origin v prostředí Linux, které je standardně doporučováno pro vědeckou práci a přístup k HPC clusterům, přestože samotný software nemá nativní linuxovou verzi. Cílem bylo umožnit linuxovým uživatelům plnohodnotnou práci s daty a zachovat kompatibilitu s existujícími projekty a spoluprací napříč výzkumnými skupinami.

Zadavetel: doc. RNDr. Karel Carva, PhD., Katedra fyziky a kondenzovaných látek MFF UK